บริษัท ส. ขอนแก่น ก่อตั้งขึ้นโดย นายเจริญ รุจิราโสภณ ผู้มีประสบการณ์ด้านอุตสาหกรรมอาหารนานกว่า 10 ปี ก่อนจะมาตั้งบริษัท ส. ขอนแก่นขึ้นในปี พ.ศ. 2527 ด้วยเงินลงทุน 300,000 บาท ในช่วงเริ่มต้นนั้น นายเจริญเห็นว่า คนในกรุงเทพจำนวนหนึ่งนิยมบริโภคอาหารประเภทหมูหยอง หมูแผ่น และกุนเชียง เมื่อเดินทางไปจังหวัดขอนแก่น ก็จะซื้อผลิตภัณฑ์เหล่านี้มาจำหน่ายในกรุงเทพ และนี่คือที่มาของตรา ‘ส.ขอนแก่น’ หรือ ‘สินค้าจากจังหวัดขอนแก่น’ นั่นเอง ในเวลาต่อมาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการจัดส่งและการควบคุมคุณภาพให้ได้มาตรฐาน นายเจริญได้ก่อตั้งโรงงานเพื่อผลิตสินค้าเหล่านี้เอง โดยใช้เครื่องจักรและเทคโนโลยีสมัยใหม่มาประยุกต์ในการผลิตเพื่อยกระดับมาตรฐานอาหารให้เป็นระดับสากล แต่คงไว้ซึ่งรสชาติความอร่อยแบบดั้งเดิมภายใต้ ตรา ส.ขอนแก่น

จากความสำเร็จของธุรกิจ และผลประกอบการที่เติบโตอย่างรวดเร็ว เพียง 8 ปี หลังจากก่อตั้งบริษัทคณะผู้บริหารได้ตัดสินใจจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยมาเป็นบริษัท อุตสาหกรรมอาหาร ส. ขอนแก่น จำกัด มหาชน ในปี พ.ศ. 2537

เนื่องด้วยคณะผู้บริหารตระหนักดีว่าการขึ้นลงของราคาวัตถุดิบในอุตสาหกรรมการเกษตรนั้นเป็นปัจจัยที่สำคัญในการแข่งขันทางธุรกิจ บริษัทจึงตัดสินใจขยายตัวธุรกิจเกษตรเต็มรูปแบบ ด้วยการมีฟาร์มสุกรเป็นของตัวเองเมื่อปี พ.ศ. 2538

ก่อนที่อาหารพื้นเมืองจะถูกลืม และจางหายไปกับวิถีชีวิต และรูปแบบการบริโภคของผู้คนที่เปลี่ยนไปในฐานะผู้นำของอุตสาหกรรมอาหารพื้นเมือง บริษัทได้ยกระดับมาตรฐาน และสร้างประวัติศาสตร์หน้าใหม่ให้กับวงการอาหารไทยอีกครั้ง โดยนำอาหารพื้นเมืองมาแปลงโฉมครั้งใหญ่ เพื่อเข้าสู่อุตสาหกรรมขนมขบเคี้ยว ซึ่งมีขนาดตลาดใหญ่กว่าอาหารพื้นเมืองเกือบสิบเท่าตัวในขณะนั้น ภายใต้ตราสินค้า ‘อองเทร่’ ผลิตภัณฑ์หมูแผ่นอบกรอบ

เนื่องด้วยข้อจำกัดทางการค้าระหว่างประเทศ ผลิตภัณฑ์จากเนื้อสุกรในประเทศไทยนั้นสามารถที่จะส่งออกไปยังประเทศต่างๆได้เพียง 3 ประเทศเท่านั้นคือ ฮ่องกง, สิงคโปร์และญี่ปุ่น ซึ่งนับเป็นอุปสรรคที่สำคัญอย่างยิ่งต่อผู้ประกอบธุรกิจผลิตภัณฑ์อาหารแปรรูปจากเนื้อสัตว์ ทางบริษัทจึงวางแผนในการสร้างฐานการผลิตสินค้าในทวีปยุโรป จนสามารถผลิตสินค้าขายในทวีปยุโรปได้เป็นครั้งแรก เมื่อปี พ.ศ.2550 จากฐานการผลิตสินค้าในประเทศโปแลนด์

บริษัท อุตสาหกรรมอาหาร ส.ขอนแก่น จำกัด (มหาชน) เป็นผู้นำด้านการผลิต และจำหน่ายอาหารพื้นเมือง เช่น แหนม หมูยอ และไส้กรอกอีสาน รวมถึงผลิตภัณฑ์อาหารแปรรูป เช่น ลูกชิ้นปลา และลูกชิ้นกุ้ง ตลอดจนขนมขบเคี้ยวจากเนื้อสัตว์ ภายใต้ ตราอองเทร่ และด้วยความมุ่งมั่นที่จะเป็นผู้นำด้านอาหารไทยในเวทีโลก บริษัทจึงตั้งฐานการผลิตในประเทศโปแลนด์ เมื่อปี พ.ศ.2550 เพื่อผลิตสินค้าจำหน่ายในตลาดยุโรป และซื้อกิจการอาหารแช่แข็ง ในปี พ.ศ.2552 เพื่อผลิตอาหารพร้อมรับประทาน ตอบรับความต้องการของผู้บริโภคในยุคปัจจุบัน

ในปี 2553 บริษัทฯ ได้ริเริ่มธุรกิจร้านอาหารประเภท Quick Service Restaurants เพื่อเพิ่มช่องทางในการจัดจำหน่ายสินค้าและเพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการทำกำไรของบริษัทฯ นอกจากนี้ในระหว่างปี 2552-2553 บริษัทฯ ได้ปรับโครงสร้างกลุ่มบริษัทใหม่ โดยบริษัทฯ และบริษัทย่อยได้ขายหุ้นของบริษัทร่วมที่ไม่เกี่ยวข้องกับธุรกิจหลักออกไป เพื่อมุ่งเน้นในธุรกิจหลักและทำให้โครงสร้างทางธุรกิจมีความชัดเจนขึ้น รวมถึงได้เปลี่ยนชื่อบริษัทจาก บริษัท อุตสาหกรรมอาหาร ส. ขอนแก่น จำกัด เป็น บริษัท ส. ขอนแก่นฟู้ดส์ จำกัด (มหาชน)